內溝溪生態展示館原為內溝區民眾活動中心,民國90年時,市府規劃於內溝溪上游興建垃圾掩埋廠,基於回饋地方鄉民,指示由內湖區公所主政,將民眾活動中心改建為內溝溪生態展示館。
生態館基地面積計232.2坪,建物面積約101坪,(1、2樓各為50.5坪),於93年7月10日開幕啟用,由內湖區公所經管,98年元月起,基於生態保育及水土保持的專業考量,由臺北市政府產業發展局接管。